多少年来，尿路感染的分类皆以解剖学位置及患病时间的长短为根据，诸如急性膀胱炎、慢性肾盂肾炎等，这种分类显然不能提供病因或给治疗以指导。又因尿路感染临床表现多样，各学者又为同一病变予以不同的名称，于是，在文献上用词显得混乱。为便于各学者对菌尿症的研究及为使各种命名更明确，英国医学研究委员会于１９７９年特设一委员会，责成其为各种尿路感染统一命名。虽为命名，实亦有分类的作用。该委员会不主张用"无症状性菌尿"；也不用"急性膀胱炎"，而代之以"尿频尿痛综合征"，但又采用"细菌性膀胱炎"一词；以"无菌性膀胱炎"代替"尿道综合征"；不主张用"慢性肾盂肾炎"，而用"慢性间质性肾炎"。因该方案亦以尿细菌数大于１０５／毫升为根据，对此仍有不同意见。

美国食品与药物管理局建议下列分类：无合并症感染；有合并症感染；复发性感染。有合并症感染至为重要，感染常较严重且不易为药物所控制，患者常并发有梗阻性病变或异物、结石、尿路管腔狭窄、神经原性膀胱、膀胱输尿管逆流、不同部位的憩室及长期留置导尿管等。在这类病人，必须有系统的尿路检查。合并症不除，感染难以消失。复发性感染又可分为二种：一为"再犯"（ＲＥＬＡＰＳＥ），于治疗后症状消失，但不久症状又再出现，病原菌仍为前次发作的细菌；另一为"重新感染"（reinfection），本次感染为另一不同细菌所致。关于这二个概念应早日有合适的名词区别之，不宜以"复发"一词概括二者。

Stamey早在１９７５年曾建议将尿路感染分为四种类型：

第一次感染：时常可在门诊治疗，常不能发现其发病原因。一般说来，约有１／４的病人日后将复发。

未消退细菌尿：细菌尿不能消退说明治疗不充分。其原因有：细菌有抗药能力，于治疗过程中产生突变菌种；感染为两种或两种以上的细菌所致，初诊时未发现，治疗后始发现尚有其它细菌；于治疗过程中另一细菌入侵。

固执性感染：系指于治疗后尿细菌消失，不久又再出现，常见于有感染的结石、单侧萎缩性肾盂肾炎、有感染的憩室等。

重新感染（ＲＥＩＮＦＥＣＴＩＯＮ）：有一次感染之后的所有一切感染皆属于这一类。

ＣＨＩＬＤＳ在１９８８年修改ＳＴＡＭＥＹ的分类，认为在临床实践时，仍宜尽可能与感染的解剖部位结合应用。

上述诸分类法着眼点无疑较过去的旧分类法为佳，含有发病学及预后的内容，对于治疗尤其是多次复发病例的处理有指导性意义。