肠道激惹综合症属于胃肠道功能性疾病，不能单纯依靠某种特定的药物、针灸或理疗等措施达到治愈目的，治疗的关键在于化解思想矛盾和调整脏器功能。应根据不同情况，运用不同方式作耐心解释和思想开导，让患者了解疾病的性质、起病原因以及良好的预后等，以解除思想顾虑，树立治愈的信心，并发挥其主观能动性。

(1)支持疗法：除非患者全身情况很差，一般不需卧床休息。患者生活应有规律，劳逸结合，适当参加体力劳动。饮食以少渣易消化食物为主，避免刺激性饮食和味道浓烈的调味品。以便秘为主的肠道激惹综合症患者，进食多纤维素蔬菜或麦麸，养成定时排便习惯，往往有治疗效果。伴有腹痛者，可自己按摩腹部，必要时，放热水袋敷腹痛处，并可做相应的理疗和静气功等。

(2)药物治疗：治疗肠道激惹综合症的药物很多，但指标客观和疗效可靠者甚少。缓解肠痉挛和腹痛可用抗胆碱能药如颠茄、普鲁苯辛等。最近有报道口服新抗毒蕈碱药Cimtropine bromide，长程治疗(6个月)，剂量为 50毫克/次，每日3次，作双盲对比疗效考核，结果自觉腹痛消失率87%，且焦虑情绪减少，与安慰剂比较有极显著差异。有腹泻者，可服复方苯乙哌啶(止泻片)每次1～2片，或易蒙停，每次10mg，每日3次。便秘者可用石蜡油20ml，每日3次，或用开塞露塞肛门，国外多用嗜水性扩肠容的半合成纤维素类和植物粘液性物质等。伴失眠者，可给安定、利眠宁、氯丙嗪、苯巴比妥或谷维素等稳定神经功能药，以保证睡眠。伴有精神抑郁的患者可酌用抗抑郁药，如阿米脱林或丙米嗪，剂量均为25～50mg，每日2～4次。此外，还可根据中医辨证分型，配合针灸、理疗等手段治疗。

本病经治疗好转后，仍有复发机会，但一般不会严重影响全身情况。