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凡腹泻持续14天以上的患儿，应强调住院治疗。住院后积极进行液体疗法，预防和治疗脱水，纠正水、电解质和酸碱平衡紊乱。
迁延性和慢性腹泻常伴有营养不良和其他并发症，病情较为复杂，要注意寻找引起病情迁延的原因，针对病因进行治疗。
(1)调整饮食，增加营养。对本型腹泻患儿禁食是有害的，因为这类患儿常有营养障碍。除了严重吐泻者外，不可任意禁食，即便禁食，时间也不宜过长。由于患儿消化功能低下，调整饮食不宜过快，母乳喂养儿暂停辅食，待病情好转后，逐渐恢复。对人工喂养6个月以下的婴儿，羊奶、牛奶均应加等量米汤或水稀释，间断给予酸奶或奶谷类混合物，每天喂6次以保证足够的热量；对6个月以上的婴幼儿可用已习惯的平常饮食，选用稠粥、面条，并加些熟植物油、蔬菜泥、肉末或鱼末等，但须由少到多，以保证婴幼儿足够的营养和适应性，并可口服胃蛋白酶或胰酶等以帮助消化。对明显消瘦，口服营养物质又不能耐受者，可辅以部分静脉营养(包括氨基酸溶液和脂肪乳剂等)，补充各种维生素，以保证营养需要。随着腹泻减轻，消化功能好转，逐渐过渡到一般饮食。
(2)有双糖酶缺乏时，暂停蔗糖、乳糖、麦芽糖等的喂养，可采用每100ml豆浆加5～10g葡萄糖或采用发酵过的酸奶，一日交替多次喂养。应用无双糖饮食后，腹泻仍不改善者，要考虑患儿对蛋白过敏，并改用其他饮食。
(3)胆酸性腹泻可加用消胆胺。
(4)只有对粪便中分离出特异性病原菌的患儿才考虑抗生素的应用，并且要尽量根据药敏试验选用敏感的抗生素，切忌滥用，以免引起肠道菌群失调。
(5)中医辨证施治，辅以推拿、捏脊或针灸疗法常可收到意想不到的效果。
(6)积极治疗各种并发症。
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