有人认为，腹泻必然是胃肠道细菌感染，因而一旦遇到腹泻便使用抗生素来治疗，如黄连素、庆大霉素、环丙沙星、氟哌酸等。

诚然，霍乱、痢疾和一部分由大肠杆菌感染所引起的肠炎，确实是细菌感染，治疗时常常需应用抗菌药物。然而，腹泻未必全是细菌感染胃肠道所致，如：腹部受凉引起肠蠕动加快；对乳品、鱼、虾及蟹等食物过敏引起肠的变态反应；胰腺外分泌功能不足，胰腺癌等；胆汁排出减少、双糖酶缺乏使肠腔内存在大量未经消化而不能被吸收的溶质，引起高渗性腹泻；外出旅行或迁居外地生活，有的人因为生活环境的改变使肠道内正常菌群的生活环境发生了变化，从而发生了“菌群失调症”而引起的厌食、呕吐、腹痛甚至腹泻不止等症状；有些婴儿因饮食不当，辅食增加过快过多，造成的腹泻等，举不胜举。诸如此类腹泻便没有细菌感染存在。还有些腹泻，如婴幼儿秋冬季腹泻，成人和大孩子夏季“流行性腹泻”和霉菌性肠炎等都不属于通常所说的细菌感染。其中，婴幼儿秋冬季腹泻和夏季“流行性腹泻”系病毒感染所引起，而霉菌性肠炎是由与各种普通细菌特性完全不同的一类霉菌引起的。既然病原不同，治疗方法就不应该完全相同，所以应用抗菌药物应当慎重。

许多抗生素，尤其是口服后，均可引起不同程度的胃肠道副作用，如恶心、呕吐、腹泻或食欲下降，甚至影响肝脏、肾脏和造血功能，其中以广谱抗生素引起的胃肠道副作用较为严重。其原因，除化学刺激因素外(化学刺激性与剂量有关)，广谱抗生素可引起体内的菌群失调而导致二重感染是另一个重要因素。

二重感染，亦称菌群失调症。在正常情况下，人们处于一个庞大的微生物生存的环境中，人体的皮肤粘膜和与外界相通的腔道，如口腔、鼻、咽、肠道等处，都寄生着一定数量的细菌，这些数量繁多的细菌，与人体既相互依存又相互制约，对人体不但无害，反而有益。其中肠道的正常菌群，在食物的消化吸收过程中起着重要的促进作用，而且，肠道正常的菌群还对危害人体健康的致病菌有着强大的抑制作用，可以有效地抑制它们的生长繁殖，这对人体来说，是非常重要的，在医学上称为生态平衡。

抗生素特别是广谱抗生素的应用，往往使体内各处的敏感菌受到抑制，而使耐药菌乘机在体内繁殖生长，导致二重感染。也就是说，本来用抗生素想杀灭致病菌，结果反遭致更厉害的细菌感染，其中，耐药性金黄色葡萄球菌和革兰氏阴性杆菌是二重感染的主要病原。由耐药性金黄色葡萄球菌等所致的二重感染，主要形式为肠炎，可见，广谱抗生素应用过程中所引起的二重感染往往会加重腹泻。

另外，广谱抗生素的应用使肠道内很多细菌受到抑制，这些细菌中有些具有合成维生素 B族和维生素K的能力，因此，菌群失调后就可能导致维生素B复合物缺乏，可出现恶心、呕吐、腹泻等胃肠道症状。