引起便秘的原因可以分为功能性和器质性两大类。所谓功能性便秘就是说排便的生理机能因某些原因发生了失调或紊乱，不能正常地按时把粪便排出体外，其常见原因有：

(1)精神神经因素：因为排便动作是受大脑皮层随意控制的动作，人可以随意地延长排便时间。在工作繁忙或没有合适的排便地方和条件时，通过大脑皮层和植物神经系统，随意和不随意的反射活动，能使便意缓解，粪便通过直肠的向上逆行蠕动返回乙状结肠，暂时不排便。这种对排便活动的随意控制能力，有利于人适应环境变化和养成定时排便的习惯。但如果经常任意地延长排便时间，久而久之就会使直肠壁上的神经细胞对粪便进入直肠后产生压力的感受性变迟钝，使粪便在直肠内停留时间而不引起排便反射，无便意感产生，这是直肠性便秘形成的主要原因。这样，就形成了所谓的习惯性便秘。许多人的便秘都是由于忽视了及时排便而产生的。一些肛门疾病，如肛裂、痔疮等，病人因怕大便时疼痛、脱出、出血，常常有意识地控制、延长排便时间，也会产生这种习惯性便秘。情绪紧张、忧愁焦虑、注意力高度集中于某一工作，或精神上受到强烈刺激、惊恐时，也会使便意消失，形成习惯性便秘。抑郁型精神病和癔病患者常常便秘，也属于这一范围。许多脑病，如中风、结核性脑膜炎、流行性脑膜炎 ，以及脊髓损伤、断裂的病人，常常先有一时性大便失禁，然后转变为便秘和排便困难，也属此类。

(2)整个胃肠道运动缓慢，营养缺乏，特别是B族维生素缺乏，慢性阿片中毒，甲状腺机能减退等 ，可影响整个胃肠道正常蠕动，使食物通过时间延长，因运动缓慢而形成便秘。

(3)肠道所受的刺激不足，吃得过少，食物中的纤维素和水分不足，对肠道不能形成一定量的刺激，使结肠产生蠕动，并及时将食物残渣推向直肠。进入直肠后又因为量少不能产生足够的压力，刺激直肠壁的神经感受细胞，产生排便反射，因而形成便秘。

(4)排便动力缺乏。排便时不仅需要肛门括约肌的舒张，提肛肌的向上向外牵拉，而且还需要膈肌下降，腹肌收缩及大腿肌收缩来加强排出。人们用力排便时，常常暂时屏气(停止呼吸)，通过以上肌肉的收缩使胸内压和腹内压急剧上升，来推动粪便排出。因病、因年老体弱、或妇女生育使腹壁松弛、肛门手术使肌肉损伤后，膈肌、腹肌、提肛肌收缩力减弱，使排便动力缺乏，也会引起便秘。

(5)肠壁的反应性减弱。肠壁内的神经细胞受到炎症、痢疾等引起腹泻的刺激时，为了对抗腹泻，保持人的正常生理，会应激性的降低排粪活动。所以患肠炎、痢疾等发生腹泻后，常常有短时期排便减弱性便秘。经常服用泻药或灌肠等，也可使肠壁应激性减弱，虽然受到足够的刺激，也不能适时地引起排便反射，反而使便秘更加严重。

(6)铅、砷、汞、磷等中毒，服用碳酸钙、氢氧化铝、阿托品、普鲁苯辛、阿片等药物可会引起便秘，称为药物性便秘。

所谓器质性便秘，就是说腹腔内、大肠、肛门内出现了器质性病变，障碍或影响了粪便的正常通过和排出，因而发生的便秘。诸如大肠肛门良性和恶性肿瘤，慢性炎症等所引起的肠腔狭窄变小，巨结肠症引起的直肠痉挛狭窄，手术后并发的肠粘连，部分性肠梗阻等;或腹腔内巨大肿瘤，如卵巢囊肿、子宫肌瘤，以及妊娠、腹水等压迫了大肠，使粪便通过困难，均可出现便秘。这类便秘因为是器质病变引起的，所以需通过动手术等解除病因，才能治愈便秘。