其次，大小乘佛学最大最高的课题，便是对于形而上本际的究竟，即“空”和“有”的认识，并不如一般哲学所探讨本际是“心”是“物”的争论。自释迦灭度以后，由印度佛学的“结集”开始，以至小乘佛学发生分宗分派之争，后期佛学转入大小乘之争以后，曼衍流变，便有“般若”的“毕竟空”与“唯识”的“胜义有”之辩。由此传入中国的西藏之后，仍然还有“般若”的“空观”，与“唯识”的“胜义有”孰先孰后之争的存在。

其中关于中国佛学的科判佛说经典的先后次序，姑且不论。例如有关密宗修法与佛学理论的依据来讲，无论东密与藏密，大体上都认为“唯识”的“胜义有”，才是释迦最后所出的究竟定论。换言之，佛说“般若”的“空观”，还只是一时之方便。由“真空”而再证“妙有”，才是最后的究竟。至于空非真实，有非实有，即空即有与非空非有等，双边对等互破而建立“中观”的理论，那都是净化对本际知见的理念问题，在此也暂且不谈。但因此可知密宗修法的理论依据，实以唯识学的体系作为基础，和达摩禅有同出而异名，目标一致而方法运用各别的微妙关系。

总之，大小乘的佛学，大体上，都以净化意念（意识）入手，最后达到无得无依归。因此必须空了心念，舍妄归真。而密宗的知见，依据“唯识”的“识变”理论，认为“空”与“有”的境界，也都是“唯识”的净与污的变化现象，而此心、意、识的究竟体相，“有”即是“幻”，“空”亦非“真”，而且即此意念，也便是心识的本体实际的妙密功能，所以只要直接去“转识成智”，便可“超凡入圣”，甚至便可“即身成佛”了。老实说，不但密宗理论的基本依据是如此，即如中国佛教所创立的净土宗之基本依据，也并不外于此例。