道号“圆顿子”，生于清光绪六年(1880年)。祖籍安徽怀宁，世居安庆苏家巷。幼承家学，熟读儒典。十岁读《神仙传》，即萌生学仙之念。稍长，考中秀才。因患痨疾，从叔祖学医，同时试做仙道工夫，逐渐恢复健康。

1905年考人安徽高等法政学堂，两年后痨疾复发而辍学。1908年起，为了学习养生方法，他离开家庭四处求师，得到一些丹法口诀，然未遇深谙丹道之炼师，怅然而返。1912至1914年，住在姊丈乔种珊家，日往上海白云观通读《道藏》，遂探得道家丹术之底蕴。为了有所比较，他又去杭州海潮寺华严大学阅读佛经。旋赴北京，寻访高道，未遇。1916年陈撄宁由京返沪，与西医师昊彝珠结婚，夫妻二人在上海民国路自设诊所行医。1922年至1932年，陈撄宁与同志数人在家中进行了数百次外丹试验，终因军阀混战和日寇侵沪受到破坏，未获最后成功。

1933年，张竹铭医师在沪创办《扬善半月刊》，特辟“答读者问专栏”，请陈撄宁主笔。陈撄宁利用这个阵地，大力提倡“仙学”，团结了众多好道之士，使之成为当时全国研究仙道的中心。1937年8月，日寇进攻上海，《扬善半月刊》被迫停办。1939年，张竹铭医师又创办了《仙道月报》，陈撄宁仍为主笔之一。1941年夏，该刊又因上海局势险恶而停办。此后，陈撄宁仍然坚持仙学的研究，并传授弟子。1953年，浙江省政俯聘请陈撄宁为省文史研究馆馆员。1956年秋，道家界人士倡议成立中国道家协会，陈撄宁被邀请为筹备委员。

1957年4月，中国道家协会正式成立，他被选为副会长兼秘书长。1961年，当选为中国道家协会会长。“文革”期间，中国道协被迫停止工作，陈撄宁深为抑郁惶恐，心力交瘁。1969年5月25日，陈撄宁因肺癌病逝于北京医院，终年89岁。