所谓菌根就是真菌与植物根系形成的特殊共生体．根据形态和解剖学的特征,又把菌根分为外生菌根和内生菌根两大类。

外生菌根的特征是真菌菌丝体紧密地包围植物幼嫩的根,形成菌套,有的向周围土壤伸出菌丝,代替根毛的作用．外生菌根的菌丝蔓延于根的外皮层细胞间,大部分生长于根外部．外生菌根常可以在许多森林的树木根部发现,如松柏类、栎树等．这些外生菌根可以在土壤中吸收水分和养分供给植物利用,同时又能从植物根的分泌物中得到营养,这种共生关系使得植物更加茂盛,有些树种在没有菌根共生的情况下表现出生长不良。

内生菌根是真菌的菌丝体,主要存在于根的皮层薄壁细胞之间,并且进入细胞内部,不形成菌套．因此,具有内生菌根的植物,一般都保留着根毛．内生菌根较普遍存在于各种栽培作物中,如玉米、棉花、大豆、马铃薯等．这类真菌多属于藻状菌．它们侵入植物根后向细胞中伸出球形或分枝状的吸器,从根外表看不出有菌丝存在．具有内生菌根对植物体有什么好处呢? 实验已经证明,含有内生菌根的植物生长良好,而且菌根还可以促进植物对磷的吸收。