各种不同种类的病毒有着各自不同的特征,它们有的以感染文件为主、有的以感染系统引导区为主、大多数病毒只是开个小小的玩笑、但少数病毒则危害极大(如臭名昭著CIH病毒),这就要求我们采用适当的方法对病毒进行分类,以进一步满足日常操作的需要：

1. 按传染方式分类

病毒按传染方式可分为引导型病毒、文件型病毒和混合型病毒三种．其中引导型病毒主要是感染磁盘的引导区,我们在使用受感染的磁盘(无论是软盘还是硬盘)启动计算机时它们就会首先取得系统控制权,驻留内存之后再引导系统,并伺机传染其它软盘或硬盘的引导区,它一般不对磁盘文件进行感染；文件型病毒一般只传染磁盘上的可执行文件(COM,EXE),在用户调用染毒的可执行文件时,病毒首先被运行,然后病毒驻留内存伺机传染其他文件或直接传染其他文件,其特点是附着于正常程序文件,成为程序文件的一个外壳或部件；混合型病毒则兼有以上两种病毒的特点,既染引导区又染文件,因此扩大了这种病毒的传染途径。

2. 按连接方式分类

病毒按连接方式分为源码型病毒、入侵型病毒、操作系统型病毒、外壳型病毒等四种．其中源码病毒主要攻击高级语言编写的源程序,它会将自己插入到系统的源程序中,并随源程序一起编译、连接成可执行文件,从而导致刚刚生成的可执行文件直接带毒,不过该病毒较为少见,亦难以编写；入侵型病毒则是那些用自身代替正常程序中的部分模块或堆栈区的病毒,它只攻击某些特定程序,针对性强,一般情况下也难以被发现,清除起来也较困难；操作系统病毒则是用其自身部分加入或替代操作系统的部分功能,危害性较大；外壳病毒主要是将自身附在正常程序的开头或结尾,相当于给正常程序加了个外壳,大部份的文件型病毒都属于这一类。

3. 按破坏性分类

病毒按破坏性可分为良性病毒和恶性病毒．顾名思义,良性病毒当然是指对系统的危害不太大的病毒,它一般只是作个小小的恶作剧罢了,如破坏屏幕显示、播放音乐等(需要注意的是,即使某些病毒不对系统造成任何直接损害,但它总会影响系统性能,从而造成了一定的间接危害)；恶性病毒则是指那些对系统进行恶意攻击的病毒,它往往会给用户造成较大危害,如最近十分流行的CIH病毒就就属此类,它不仅删除用户的硬盘数据,而且还破坏硬件(主板),实可谓"十恶不赦"！

4. 按程序运行平台分类

病毒按程序运行平台分类可分为DOS病毒、Windows病毒、Windows NT病毒、OS/2病毒等,它们分别发作于DOS、Windows 9X、Windows NT、OS/2等操作系统平台上的病毒。

5. 新型病毒

部分新型病毒由于其独特性而暂时无法按照前面的类型进行分类,如宏病毒、黑客软件、电子邮件病毒等。

宏病毒主要是使用某个应用程序自带的宏编程语言编写的病毒,如感染WORD系统的WORD宏病毒、感染EXCEL系统的EXCEL宏病毒和感染Lotus Ami Pro的宏病毒等．宏病毒与以往的病毒有着截然不同的特点,如它感染数据文件,彻底改变了人们的"数据文件不会传播病毒"的错误认识；宏病毒冲破了以往病毒在单一平台上传播的局限,当WORD、EXCEL这类软件在不同平台(如WINDOWS、WINDOWS NT、OS/2和MACINTOSH等)上运行时,就可能会被宏病毒交叉感染；以往病毒是以二进制的计算机机器码形式出现,而宏病毒则是以人们容易阅读的源代码形式出现,所以编写和修改宏病毒比以往病毒更容易；另外宏病毒还具有容易传播、隐蔽性强、危害巨大等特点．最终来说,宏病毒应该算是一种特殊的文件型病毒,同时它应该也可以算是"按程序运行平台分类"中的一种特例。

黑客软件本身并不是一种病毒,它实质是一种通讯软件,而不少别有用心的人却利用它的独特特点来通过网络非法进入他人计算机系统,获取或篡改各种数据,危害信息安全．正是由于黑客软件直接威胁各个广大网民的数据安全,况且用户手工很难对其进行防范的独特特点,因此各大反病毒厂商纷纷将黑客软件纳入病毒范围,利用杀毒软件将黑客从用户的计算机中驱逐出境,从而保护了用户的网络安全。

电子邮件病毒实际上并不是一类单独的病毒,它严格来说应该划入到文件型病毒及宏病毒中去,只不过由于这些病毒采用了独特的电子邮件传播方式(其中不少种类还专门针对电子邮件的传播方式进行了优化),因此我们习惯于将它们定义为电子邮件病毒。