一般认为肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症。而肛门直肠周围脓肿95%是因肛门腺感染引起,大致引起的原因有以下几种：

(1) 肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝,引起肛腺炎,导致肛门周围脓肿,是肛瘘形成的主要原因。

(2)直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠,细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。

(3)肛裂：肛裂反复感染,可引起皮下瘘,也可引起肛腺炎。

(4)会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染,产后会阴缝合后感染,前列腺、尿道手术后感染等,均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。

(5) 结核：吞咽细菌或少数血行感染,均可引起结核性肛瘘。

(6)溃疡性大肠炎：可引起肛瘘。

(7)克隆氏病：可伴有肛瘘。

(8)直肠肛管癌：常伴发肛瘘。

(9)血行感染：如糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等,因机体抵抗力下降,常可血行感染引起肛瘘。

(10)其他：淋巴肉芽肿,放线菌病,尾骶骨骨髓炎,直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门周围脓肿、肛瘘。